A história do Seminário Presbiteriano no Brasil começa em 1867, no Rio de Janeiro, com a fundação do "Seminário Primitivo" pelo Rev. Ashbel Green Simonton. Em 1888, o Sínodo da Igreja Presbiteriana decidiu criar um seminário em Nova Friburgo/RJ, que foi transferido para São Paulo dois anos depois.
Em 1982, uma extensão do Seminário Presbiteriano do Sul foi instalada na Igreja Presbiteriana de Nova Iguaçu, trazendo novamente ao Rio a formação de pastores. Em 1984, essa extensão foi transferida para a Igreja Presbiteriana do Méier, sob a direção do Rev. Thiago Rodrigues Rocha.
Em 1986, o Supremo Concílio transformou a extensão no Seminário Teológico Presbiteriano do Rio de Janeiro. Desde 1992, o seminário realiza vestibulares e estabeleceu sua sede na Rua Joaquina Rosa, 199, Méier.
Em 2006, foi renomeado como Seminário Teológico Presbiteriano Rev. Ashbel Green Simonton. Em 2022, foi inaugurada a nova sede, o Edifício Rev. Roberto Brasileiro Silva, na Rua Isolina, 151, com instalações modernas para alunos, professores e a igreja.